Menyadari akan pentingnya suatu lembaga pendidikan bermutu yang dapat mengayomi dan membina seluruh peserta didik secara utuh (holistic), maka pada tahun 1998 berdirilah Sekolah Makarios : TK Makarios dan SD Makarios. Dengan menempati lahan seluas +/- 6000 m2, gedung persekolahan Makarios berdiri kokoh. Melihat minat masyarakat yang memilih Sekolah Makarios sebagai tempat bagi anak-anak bangsa begitu besar, maka pada tahun 2003 secara resmi berdiri SMP Makarios. Dengan didukung oleh Tenaga Pendidik dan Kependidikan yang bermutu, ditambah dengan Tenaga Pendidik Asing; maka Sekolah Makarios terus memacuh diri dan memberikan pelayanan pendidikan terbaik sebagai bagian dari sumbangsih nyata kepada Ibu Pertiwi.